Mata kuliah anatomi tumbuhan menjelaskan tentang anatomi dalam tumbuhan mulai dari sel, jaringan dan organ tumbuhan. Sel  menjelaskan tentang konsep sel, sejarah perkembangan sel, bagian-bagian sel, yaitu : dinding sel dan protoplasma. Dinding sel meliputi pertumbuhan dan perkembangan  dinding sel, susunan mikroskopis dinding sel,cara penebalan dinding sel,noktah dan kandungan kimia dinding sel. Protoplasma menjelaskan tentang bagian-bagian yang bersifat protoplasmik (sitoplasma, nukleus, plastida dan mitokondria), dan non proplasmik (benda-benda ergastik yang berbentuk cair dan padat). Jaringan tumbuhan menjelaskan tentang meristem dan jaringan dewasa. Meristem meliputi, apikal, lateral dan interkalar. Jaringan dewasa meliputi, jaringan pelindung (epidermis dan derivatnya), jaringan dasar (parenkim), jaringan penguat (kolenkim dan  sklerenkim), jaringan pengangkut (xilem dan fluem), jaringan sekretori dan jaringan asimilasi. Organ menjelaskan tentang anatomi  akar, batang daun dan  biji (embrio).